При анализирующем скрещивании не всегда удаётся определить генотип родителя, если использовать особей, гомозиготных по доминантным аллелям. 2 В этом случае всё потомство будет иметь исключительно доминантные признаки, и установить исходный неизвестный генотип будет невозможно. 2

Для определения генотипа при анализирующем скрещивании используют особей, гомозиготных по рецессивному признаку. 25 На фоне рецессивных аллелей становятся «видны» аллели анализируемого организма, так как расщепление по фенотипу совпадает с расщеплением по генотипу. 4

Также иногда расщепление признаков во втором поколении может отклоняться от ожидаемых результатов из-за того, что в некоторых случаях гомозиготы по одному из признаков оказываются нежизнеспособными. 1