Предположение о первичном бульоне как месте появления жизни считается устаревшим по нескольким причинам:

• Отсутствие необходимых химических элементов. 2 После открытия структуры ДНК и подробного цитологического анализа современных эукариот учёные пришли к выводу, что для формирования подобной структуры из первичного бульона ушло бы больше времени, чем существует Вселенная. 2 Также было выяснено, что на тогдашней Земле отсутствовали в нужном объёме многие химические элементы, в частности фосфор, необходимые для формирования такой сложной структуры, как эукариотическая клетка. 2
• Неспособность бульона передавать энергию. 1 Авторы исследований отмечают, что бульон «не способен передавать энергию», так как для образования АТФ требуется, чтобы протоны были плотно упакованы и отделены. 1 Фактически, в бульоне происходит совершенно противоположный процесс: протоны быстро рассеиваются. 1
• Критика теории С. П. Костычева. 5 Учёный заявлял о несостоятельности теории Опарина, указывая на то, что клеточный организм является слишком сложной структурой, чтобы можно было даже теоретически допустить случайное образование такой многогранной системы. 5

Сейчас в качестве основных рабочих гипотез абиогенеза конкурируют гипотезы «первичной суши» (на минеральной подложке в условиях периодического высыхания) и «первичного майонеза» (грязевые котлы вулканов). 3