Предлоги «на протяжении» и «в течение» имеют разные окончания из-за того, что образованы от разных форм существительных и застыли в различных падежах. 1
Предлог «в течение» образован от существительного в форме винительного падежа, поэтому имеет окончание -е. 13 Он обозначает определённый временной отрезок. 5 Пример: «в течение дня». 5
Предлог «на протяжении» образован от существительного в форме предложного падежа, поэтому имеет окончание -и. 12 Он указывает на протяжённость, а не на количественную оценку времени. 5 Пример: «на протяжении месяца». 5