Праязыковая реконструкция считается сложной задачей в языкознании по нескольким причинам:

• Утрата данных. 34 Чем больше времени прошло с момента распада праязыка, тем больше вероятность, что какие-то черты успели утратиться во всех языках-потомках. 4
• Неоднозначность фонологических соответствий. 1 Это ведёт к множественности решений. 1
• Сложность реконструкции морфологии. 1 Она связана с построением моделей морфемного уровня праязыка (корнеслова, префиксов, суффиксов, детерминативов и т. п.). 1 Основным препятствием для диахронического моделирования служит воздействие грамматической аналогии. 1
• Сложность реконструкции синтаксиса. 12 Синтаксис подвержен сильному воздействию внутренних изменений и внешних влияний. 1
• Отсутствие древних языков как материала для реконструкции. 2 Например, при работе с языками Южной и Центральной Америки или тропической Африки, старейшие записи на которых датируются в лучшем случае XIX веком, а то и концом XX. 2

Праязыковая реконструкция всегда носит гипотетический характер, однако существуют критерии и пути проверки её точности. 5