Правило дефекта масс не работает на кварках в нуклонах, потому что при попытке извлечь кварк к нуклону прикладывается некоторое количество энергии с целью разделения нуклона на части, например, в виде частицы из ускорителя. 1 Если энергия недостаточна для воздействия на нуклон, она переизлучается и рассеивается. 1 Если энергия достаточна, то из неё образуются ещё три кварка и появляется новая частица с массой m = E/c². 1 Таким образом, формула E = mc² в этом случае работает. 1

При синтезе гелия правило дефекта масс работает, потому что ядро гелия немного легче его составляющих. 2 Лёгкие атомы стремятся слиться, тяжёлые — распасться. 2