Популяция средиземноморской черепахи в черноморском регионе сокращается по нескольким причинам:

• Антропогенная трансформация мест обитания. 3 Застройка и расширение населённых пунктов, развитие дорожной сети, распашка залежных земель. 3
• Незаконный вылов черепах с целью продажи для содержания в домашних условиях. 3 Также животных отлавливают для употребления в пищу и получения карапакса — поделочного и сувенирного сырья. 2
• Гибель под колёсами автомобильного транспорта и сельхозтехники. 3
• Поедание молодых черепах синантропными хищниками (собаками, свиньями, крысами, врановыми птицами). 3
• Лесные пожары и травяные палы в местах обитания. 3

Средиземноморская черепаха занесена в Красную книгу России как вид, находящийся под угрозой исчезновения. 5