Несколько причин высокой консервативности половых хромосом в эволюции:

• Передача от отца к сыну без изменений. 1 Это не позволяет Y-хромосоме черпать генетическое разнообразие извне, она может изменяться только за счёт потери генов. 1
• Отсутствие рекомбинации вокруг генов определения пола. 5 Это приводит к накоплению вредных рецессивных мутаций в этой области. 5
• Гемизиготность Х-хромосом. 5 Она значительно увеличивает отбор рецессивных мутаций, что приводит к тому, что перемещённые гены дивергируют быстрее, чем на аутосомах. 5

Однако есть и причины, по которым половые хромосомы могут иметь и высокую активность в эволюции. Например, Y-хромосома неустойчива к мутациям. 1 Обычный механизм «починки» генов даёт сбой на Y-хромосоме, открывая путь новым мутациям. 1 Кроме того, эти мутации подвергаются более сильному давлению отбора, так как определяют функцию хромосомы — производство половых клеток. 1