Политенные хромосомы используются в цитогенетических исследованиях для точного картирования генов. 25 Это возможно благодаря наличию серий полос-дисков на таких хромосомах, рисунок которых можно использовать в качестве цитологической карты. 4 Линейный порядок дисков соответствует линейному расположению генов. 4

Также на примере политенных хромосом можно визуализировать участки активного и неактивного хроматина, изучать общую структуру хроматина. 1

Кроме того, использование политенных хромосом помогло развить методы клонирования, а также провести анализ структуры и экспрессии генов. 2

Ещё одна причина применения политенных хромосом в исследованиях — возможность локализовать конкретную мутацию в определённом диске. 4 Это возможно благодаря тому, что в результате перестроек — таких как делеции, инверсии или дупликации — происходит изменение линейного порядка дисков. 4