Подводные растения окрашиваются в разные цвета из-за наличия различных пигментов в их хлоропластах. 3

Например, водоросли, обитающие на глубинах, куда проникает свет преимущественно зелено-голубой части спектра, имеют дополнительный красный пигмент фикоэритрин. 2 Он поглощает энергию именно этих сине-зелёных световых волн и передаёт её клеткам, содержащим хлорофилл, где она используется для синтеза сахаров в процессе фотосинтеза. 2 Фикоэритрин придаёт водорослям красный цвет. 2

Каротиноиды активны преимущественно в более коротковолновой сине-зелёной части спектра и придают водорослям желтовато-бурый цвет. 2 Наличие тех или иных пигментов или их одновременное присутствие в макрофите, но в различных соотношениях, и обусловливает всё разнообразие цветовых оттенков у водорослей. 2