Несколько возможных причин, по которым подсветка ошибок может не работать в некоторых файлах Python в Sublime Text:

• Неправильное указание расширения файла. 4 Синтаксис подсвечивается только после сохранения файла. 4
• Неправильная установка плагина. 5 Например, подсветка синтаксиса может не работать, если плагин установлен с помощью Package Control, а не из zip-файла с GitHub. 5
• Установка двух версий Python. 1 В некоторых операционных системах установлены две версии Python, и файл Python.sublime-build запускает только одну из них, обычно Python 2, а не Python 3. 1
• Использование PowerShell для запуска версии CLI. 1 Неясно, используется ли та же оболочка, что и по умолчанию системой сборки, и совпадают ли пути к исполняемым файлам. 1

Для решения проблемы можно попробовать переустановить Sublime Text и Python, очистить компьютер, удалить переменные среды, связанные с ними, и перезагрузить систему. 1