Нельзя однозначно сказать, почему подсчёт КОЕ предпочтительнее микроскопического анализа, так как у каждого из методов есть свои особенности.
Подсчёт КОЕ предполагает, что каждая колония является отдельной и основана одной жизнеспособной микробной клеткой. 1 Преимущество метода в том, что разные виды микроорганизмов могут давать колонии, явно отличающиеся друг от друга как микроскопически, так и макроскопически. 12 Морфология колоний может быть полезна для идентификации присутствующих микроорганизмов. 1
Однако у метода есть и недостатки: оценка количества микробов с помощью КОЕ в большинстве случаев меньше реального количества отдельных живых клеток, присутствующих в образце. 1 Кроме того, тест КОЕ может недостоверно оценивать общее число живых бактерий. 3
Микроскопический анализ позволяет наиболее полно учесть численность микроорганизмов и получить дополнительную информацию о размерах и морфологии исследуемых клеток. 5 К недостаткам метода относят невозможность подсчитать бактерии, когда образуются их скопления или когда они «прилипают» к частицам исследуемого субстрата, а также отсутствие возможности отличить живые микроорганизмы от погибших. 4
Таким образом, выбор между подсчётом КОЕ и микроскопическим анализом зависит от конкретных задач исследования и требований к его результатам.