Плотность упаковки хроматина может меняться в зависимости от типа клетки из-за различных стадий клеточного цикла. 15

В интерфазе часть хроматина деконденсирована (эухроматин) и неразличима в световой микроскоп, а часть остаётся в упакованном состоянии (гетерохроматин). 1 Процессы транскрипции идут на участках ДНК эухроматина, тогда как молчащие гены и структурные участки, лишённые генов, представлены гетерохроматином. 1

Перед делением клетки хроматин достигает максимальной степени конденсации и образует плотно упакованные структуры — хромосомы. 1

Также плотность упаковки хроматина во многом определяется модификациями гистонов — ацетилированием и фосфорилированием. 4