Плейотропия может затруднять селекцию по определённым признакам, потому что один ген влияет на несколько фенотипических признаков. 1 Это означает, что новая мутация в гене может оказать влияние на некоторые или все связанные с этим геном признаки. 1

Например, при отборе по одному из признаков лидирует один из аллелей гена, а при отборе по другим признакам — другой аллель этого же гена. 1 Также плейотропия может приводить к тому, что ген одновременно влияет на полезный и вредный признаки, что ставит перед селекционером сложные задачи. 2

Кроме того, совокупные плейотропные эффекты могут привести к генетической корреляции между двумя или более фенотипами. 4