Планктон имеет важное значение для экосистемы водоёмов по следующим причинам:

• Фитопланктон является основным продуцентом органического вещества и начальным звеном большинства трофических цепей в водоёмах. 1
• Зоопланктон потребляет формируемое в водоёмах и приносимое извне органическое вещество, отвечает за самоочищение водоёмов и водотоков. 2
• Планктон служит индикатором для оценки качества воды. 2 Исследования зоопланктонных организмов помогают определить загрязнённость водоёмов и экологические особенности определённой области. 2
• Планктон составляет основу питания большинства видов рыб. 2 Он непосредственно или через промежуточные звенья пищевой цепи служит пищей остальным животным, обитающим в водоёмах. 2