«Пудинговая модель» Томсона была опровергнута планетарной моделью Резерфорда из-за того, что положительный заряд в модели Томсона был распределён по всему объёму атома, а в опытах Резерфорда положительный заряд не был распределён равномерно. 5

В ходе экспериментов по рассеиванию альфа-частиц Резерфорд пришёл к выводу, что внутри атома есть очень малое ядро, содержащее большой положительный заряд. 23 Это привело к созданию планетарной модели атома, в которой электроны вращаются вокруг ядра, подобно планетам вокруг Солнца. 4

Кроме того, планетарная модель Резерфорда оказалась внутренне противоречивой: по законам электродинамики движущийся ускоренно заряд должен непрерывно излучать электромагнитные волны, а в этой модели атом должен быть неустойчивым. 1 Это противоречие возникло из-за того, что к электронам в атомах применяли законы классической физики, а в микромире действуют свои законы, отличные от законов макромира. 1