Перекрёстное оплодотворение считается выгодным для эволюции по нескольким причинам:

• Эффективное очищение генофонда от вредных мутаций. 1 При перекрёстном оплодотворении индивидуальные геномы постоянно перемешиваются, а новые геномы формируются из фрагментов, ранее принадлежавших разным организмам. 1 Это позволяет избавляться от постоянно возникающих вредных мутаций, не допуская вырождения популяции. 3
• Ускоренное накопление полезных мутаций. 13 Например, если у одной особи возникла одна полезная мутация, у другой — другая, то при бесполом размножении практически нет шансов дождаться объединения обеих мутаций в одном геноме. 3 Перекрёстное оплодотворение даёт такую возможность, делая все полезные мутации, возникшие в популяции, «общим достоянием». 3
• Помощь в адаптации к меняющимся условиям. 1 Например, в условиях, когда нужно преодолеть зону, заселённую патогенными бактериями, особи, размножающиеся путём перекрёстного оплодотворения, лучше приспосабливаются к новым условиям. 14

Однако стоит учитывать, что степень полезности или вредности перекрёстного оплодотворения зависит от ряда параметров, таких как размер популяции, скорость мутирования и другие. 3