Пептидная связь считается частично двойной из-за резонанса канонических структур между углеродом карбонильной группы и атомом азота. 5

В процессе образования пептидной связи азот отдаёт свои электроны для образования второй связи с углеродом, что приводит к разрушению одной связи между углеродом и кислородом. 3 Электроны, участвовавшие в образовании этой связи, попадают на кислород. 3

Частично двойной характер пептидной связи проявляется, в частности, в уменьшении её длины (0,133 нм) по сравнению с длиной простой связи C–N (0,147 нм). 1