Парафилетические группы считаются пережитками устаревших научных гипотез, потому что они часто являются остатками гипотез о филогенетических связях, существовавших до возникновения кладистики. 1

Приверженцы кладистики считают, что только группы, которым принадлежат как общий предок, так и все потомки данного предка, могут выступать в качестве таксонов. 24 Парафилетические группы, по их мнению, не имеют права на существование в системе. 24

Однако сторонники эволюционной таксономии трактуют парафилию как один из видов монофилии и считают возможным сохранять в системе парафилетические таксоны. 2

Таким образом, оценка статуса парафилетических групп зависит от конкретного научного направления и его подходов к систематике.