Отбор в чистых линиях часто оказывается неэффективным из-за их генетической структуры. 5 Все индивидуумы в чистой линии гомозиготны, а генетическая изменчивость в ней отсутствует. 5 Изменчивость, которая наблюдается в такой линии, возникает под влиянием факторов внешней среды. 5

Ещё несколько причин, по которым отбор в чистых линиях может быть неэффективным:

• Снижение генетического разнообразия. 3 Это может сделать растения уязвимыми к заболеваниям и изменениям окружающей среды. 3
• Отсутствие устойчивости к стрессам. 3 Генетическое разнообразие в популяции позволяет ей адаптироваться к различным стрессам, например, к болезням, неблагоприятным условиям окружающей среды или изменению климата. 3 Чистые линии могут не обладать необходимой гибкостью, чтобы справляться с такими вызовами. 3
• Эффект инбридинга. 3 Частый отбор в чистых линиях может привести к инбридинговому эффекту, когда близкородственное скрещивание приводит к накоплению вредных рецессивных аллелей и снижению жизнеспособности растений. 3