Одноклеточные животные имеют важное значение для экосистем по следующим причинам:

• Участие в круговороте веществ. 1 У одноклеточных относительно быстро протекают метаболические процессы, поэтому они вносят вклад в круговорот веществ в биогеоценозе, особенно в круговорот углерода. 1
• Очистка водоёмов. 23 Простейшие питаются бактериями и разложившимися органическими остатками, тем самым очищают водоёмы от загрязнения. 2
• Питание для мелких животных. 23 Многие моллюски, ракообразные, черви, мальки рыб, личинки, водяные насекомые питаются одноклеточными животными. 2
• Индикация чистоты воды. 23 Большинство простейших являются индикаторами того, насколько чистой является вода. 3
• Участие в почвообразовании. 23 Одноклеточные организмы вместе с другими почвенными обитателями поддерживают плодородие почв и участвуют в почвообразовании. 2
• Участие в образовании горных пород. 23 Остатки фораминиферов в горных породах помогают в геологической разведке, например, определяют близость слоёв с нефтью и возраст осадочных пород. 23