Несколько причин, по которым обыкновенная летяга остаётся редким видом в российской фауне:

• Сокращение естественных мест обитания. 1 Многие летяги проживают в лесах, которые вырубаются, чтобы освободить место для сельского хозяйства или предприятий. 1 Когда природная среда сокращается, животные становятся более уязвимыми перед опасностями, такими как потеря привычных мест гнездования, нехватка пищи и нарушение их жизненного цикла. 1
• Скрытный образ жизни. 4 Оценить численность летяги сложно из-за её преимущественно ночного образа жизни. 4

После присоединения к Москве территорий Троицкого и Новомосковского округов обыкновенную летягу впервые занесли в Красную книгу Москвы и присвоили третью категорию редкости — уязвимый вид на территории столицы. 2