Ностратическая гипотеза считается неподтверждённой современной наукой по нескольким причинам:

• Неприменимость методов сравнительно-исторического языкознания. 1 На столь большой временной глубине эти методы неприменимы. 1
• Отсутствие чётких и понятных критериев оценки гипотезы. 2 Новые идеи в ностратике, как правило, либо отвергаются с порога, либо молча игнорируются, либо «принимаются» лишь для того, чтобы через пару лет оказаться забытыми и неучтёнными в новых исследованиях. 2
• Упор на «количество», а не на «качество» данных. 2 Это приводит к нереалистичному характеру ностратической реконструкции и, тем самым, скорее ослабляет, чем подтверждает гипотезу. 2