Нейтральные мутации не исчезают из популяции, потому что они не являются ни полезными, ни вредными для способности организма выживать и размножаться. 2 В таких случаях естественный отбор не влияет на распространение мутации у вида. 2

Однако рано или поздно под действием генетического дрейфа нейтральная мутация может закрепиться или исчезнуть. 1 Также есть вероятность, что некоторые мутации, бывшие нейтральными в прежних условиях, могут оказаться полезными при изменении среды. 3 Чем больше таких мутаций накопилось в генофонде популяции, тем больше шансов, что хоть какие-то из них «пригодятся» в новых условиях. 3

Ещё одна причина, по которой нейтральные мутации могут сохраняться в популяции, — множественный эффект гена. 1 Например, мутация может быть полезной у самцов и вредной у самок. 1 Поскольку каждая мутация с одинаковой вероятностью появляется у самцов и у самок, половину своего существования она будет полезной, а половину — вредной, поэтому не будет закрепляться или исчезать. 1