Нетопыри-карлики считаются критически редким видом по нескольким причинам:

• Низкая репродуктивность. 2 Несмотря на то, что нетопыри-карлики регулярно размножаются, их численность очень мала. 1
• Сокращение пригодных местообитаний. 2 Это связано с усилением рекреационной нагрузки на пойменные сообщества. 2
• Воздействие человека. 1 Нетопыри любят обитать рядом с домами и зимовать в подвалах, что приводит к их истреблению. 1
• Разрушение естественной среды обитания. 5 Это происходит, например, из-за массового применения в сельском хозяйстве пестицидов и инсектицидов. 5
• Опасность от источников ультразвукового излучения и ветрогенераторов. 5 Почти 20% жертв, погибших при столкновении с лопастями ветроэлектрических установок, составляют нетопыри-карлики. 5

Нетопыри-карлики включены в Красную книгу и находятся под угрозой исчезновения. 12