Некоторые причины исчезновения непарнокопытных почти повсеместно, за исключением Центральной и Южной Америки, Африки и Юго-Восточной Азии:

• Распространение парнокопытных. 13 Они занимали схожие экологические ниши и обладали преимуществом более эффективной пищеварительной системы. 13
• Изменение климата. 12 Например, общее иссушение и похолодание климата позднего неогена привело к сокращению численности тапирообразных непарнокопытных. 2 Леса сменились степными ландшафтами и полупустынями, где эти животные чувствовали себя неуютно. 2
• Охота со стороны человека. 13 Уничтожение лошадиных в Америке и Европе, почти полное истребление диких лошадей и ослов Азии, сокращение численности африканских ослов и зебр — всё это последствия человеческой деятельности. 2
• Сокращение жизненного пространства. 13 Это привело к тому, что современные дикие виды непарнокопытных встречаются лишь в разрозненных реликтовых популяциях. 13

Вопрос о том, что стало причиной исчезновения непарнокопытных: изменение климата, охота или оба фактора вместе, остаётся предметом научных споров. 13