Несколько причин, по которым может быть необходимо отключать создание файлов .pyc при разработке на Python:

• Удобство отсутствия кучи этих файлов в рабочей директории. 2 Они могут раздражать наличием в ней большого количества файлов. 2
• Переносимость между операционными системами и версиями Python. 1 При перемещении модулей Python безопаснее оставить файлы .pyc и просто скопировать или отправить исходный код, позволив хост-Python генерировать новые файлы .pyc. 1
• Отсутствие доступа на запись к каталогам исходного кода. 1 Например, если пользователь, под которым запускается программа, не имеет доступа на запись к каталогам исходного кода (например, веб-сервер). 1

Решение об отключении создания файлов .pyc стоит принимать с учётом конкретных условий разработки.