Однозначную реконструкцию эволюционного дерева всех живых организмов нельзя провести по нескольким причинам:

• Ограниченность данных. 1 Реконструкция дерева всегда основана на определённых данных, которые отражают реальную эволюционную историю с некоторой погрешностью. 1 Дерево, построенное на основе одного источника данных, может отличаться от дерева, построенного на основе другого независимого источника. 1
• Горизонтальный перенос генов и гибридизация между видами. 1 Эти процессы затрудняют использование деревьев для описания эволюции. 1 В случаях, когда подобные события сыграли большую роль в эволюции изучаемой группы, предлагают использовать более сложные методы описания, например филогенетические сети. 1
• Различия в механизмах естественной изменчивости. 5 Например, у прокариот и эукариот они различаются. 5
• Проблемы с включением в дерево вымерших видов. 1 Хотя небольшие фрагменты «древней ДНК» сохраняются дольше 100 000 лет, за исключением некоторых особых случаев, длина таких фрагментов недостаточна для использования в филогенетическом анализе. 1
• Возможное существование нескольких не связанных между собой деревьев. 3 Большинство компьютерных программ, предназначенных для построения эволюционных деревьев, ориентированы на то, чтобы построить «наилучшее», то есть имеющее максимальную статистическую поддержку, эволюционное дерево. 3 Эти программы не рассматривают возможности существования нескольких не связанных между собой деревьев, растущих из нескольких независимых корней. 3