Объединение коммитов, которые уже попали в удалённый репозиторий, может быть нежелательно по нескольким причинам:

• Потеря идентификаторов. 1 Объединение коммитов создаёт из них новые, что приводит к тому, что изменения появляются в истории с несколькими разными идентификаторами. 1 Это может вызвать путаницу и ошибки. 1
• Затруднение ревью кода. 1 При объединении коммитов теряется информация о том, какие изменения были внесены после ревью. 1
• Потеря информации об авторстве. 1 Если объединяются коммиты разных авторов, то теряется указание на авторство, что мешает работе некоторых инструментов, например git blame. 1

Кроме того, объединение коммитов может быть невозможно, если в рабочем каталоге есть незакоммиченные изменения. 3 Для пересборки ветки нужен свободный рабочий каталог, в который распаковываются промежуточные состояния проекта. 3