Несколько причин, по которым некоторые японские слова имеют большое количество произношений:
  - Заимствование иероглифов из Китая.                                                                          konnichiwa.ru                                                                                               vk.com                       Когда китайцы записывали кандзи, они произносили их по-китайски.                                                                          vk.com                       Онные чтения — это то, как такое произношение послышалось для японцев.                                                                          vk.com                       При этом один и тот же кандзи могли заимствовать несколько раз в разную эпоху и с разной территории Китая, поэтому таких чтений много.                                                                          vk.com                      
  - Исконно-японские слова, которые стали записываться несколькими кандзи.                                                                          vk.com                       Такое слово из нескольких кандзи читается тем чтением, как слово произносилось изначально.                                                                          vk.com                      
  
 Кроме того, определённые звуки в японском языке используются очень часто, а часть — чрезвычайно редко.                                                                          habr.com                       Поэтому большое количество слов звучит очень похоже, что затрудняет понимание речи на первом этапе изучения языка.                                                                          habr.com