Некоторые причины, по которым некоторые виды живых организмов сложно идентифицировать в природе:

• Половой диморфизм. 1 Самцы и самки многих видов внешне отличаются. 1
• Сезонная морфологическая изменчивость. 1 Например, бабочка пестрокрыльница изменчивая имеет различную окраску крыльев в зависимости от температуры. 1
• Сходство внешне похожих видов. 12 Существуют так называемые виды-двойники, которые морфологически не отличаются, однако являются генетически изолированными. 2
• Влияние факторов окружающей среды. 5 Например, у грибов и грибообразных протистов внутривидовой полиморфизм часто обусловлен временными фенотипическими трендами, возникающими под влиянием узконаправленных факторов окружающей среды. 5

Для точной идентификации видов могут использоваться и другие критерии, например, физиологический (сходство жизненных процессов) или цитогенетический (уникальный набор хромосом). 12