Некоторые виды яснотковых растений считаются охраняемыми в России, потому что они являются редкими и находятся под угрозой исчезновения. 23 Например, тимьян клоповый включён в список охраняемых видов губоцветных в России. 1

Также к охраняемым видам яснотковых относится котовник украинский (Nepeta ucranica) — условно редкий вид со стабильной численностью, который находится на северной границе ареала. 2 В Самарской области он занесён в список охраняемых растений из-за таких лимитирующих факторов, как чрезмерный выпас, весенние палы, сбор на букеты. 2

Кроме того, на территории Карачаево-Черкесии нуждаются в охране редкие растения семейства яснотковые, обитающие вне пределов заповедных территорий и представляющие собой эндемичные и субэндемичные виды. 3