Сложные сети филогенеза вместо классического древа у некоторых видов прокариотов могут возникать из-за широкого распространения горизонтального генетического обмена. 13

Он может осуществляться множеством способов, например, через перенос генов вирусами и всасывание бактериями молекул ДНК из окружающей среды. 1 В результате эволюционные реконструкции, построенные с учётом горизонтального генетического обмена, похожи не на деревья, а на спутанные клубки, сети или кольца. 1

При этом большинство компьютерных программ, используемых биологами для воссоздания путей эволюции, ориентированы на построение эволюционных деревьев, а не сетей или колец. 1 Это может приводить к тому, что учёные не учитывают всю сложность процессов, происходящих в эволюции прокариотов. 2