Несколько причин, по которым некоторые виды мутаций у дрозофил часто встречаются в популяциях:

• Взаимодействие мобильного элемента и гена-мишени. 1 Это приводит к возникновению определённого набора инсерционных аллелей. 1
• Распространение генов-мутаторов. 1 Например, гены типа MR могут быть причиной повышенного возникновения широкого спектра мутаций, связанных с процессами разрыва-воссоединения хромосом. 1
• Воздействие мутагенных факторов среды. 13 К ним относятся ионизирующее излучение, химические вещества, биологические компоненты, температурные и другие экстремальные факторы. 4

Также к внутренним факторам, вызывающим мутации, относят нарушение процессов репликации и репарации. 3