Некоторые виды древесины подвержены окаменению, когда попадают в среду, где отсутствует кислород. 3 Например, если дерево быстро засыпать грязью, илом или вулканическим пеплом, прежде чем начнётся гниение. 2

Если земля, в которую зарыта древесина, особенно хорошо уплотнена, она не сможет взаимодействовать с кислородом или организмами, поэтому не сможет разлагаться. 2 В таких случаях органический материал превращается в окаменелость. 2

Процесс окаменения происходит под землёй, когда дерево оказывается похороненным под осадком. 4 Богатая минеральными веществами вода, текущая сквозь осадок, приносит минералы в клетки растения. 4 Когда лигнин и целлюлоза распадаются, остаётся камень, повторяющий первоначальную форму. 4 При этом все органические вещества замещаются минералами (зачастую силикатами, такими как кварц), а оригинальная микроскопическая структура дерева сохраняется. 4