Некоторые стоп-кодоны не распознаются в митохондриальном геноме, потому что для митохондриальных рибосом достаточно 22 тРНК для распознавания 60 кодонов. 1 Оставшиеся четыре кодона (УАГ, УАА, АГА и АГГ) не могут быть распознаны тРНК и функционируют как стоп-кодоны. 1

Также в митохондриальных генах некоторых позвоночных (включая человека) есть неполные стоп-кодоны, оканчивающиеся на U или UA, которые становятся полными терминирующими кодонами (UAA) при последующем полиаденилировании. 2

Ещё один механизм, по которому стоп-кодон может не распознаваться, — превращение стоп-кодона в смысловой. 35 Это происходит при мутациях, затрагивающих тРНК. 5