Некоторые причины, по которым некоторые слова в русском языке не подчиняются общим правилам фонетического анализа:

• Наличие букв, которые не образуют звуки. 2 К ним относятся буква «Ь» (мягкий знак) и буква «Ъ» (твёрдый знак). 2 Например, в словах «лось», «конь», «дрожь» звуков на один меньше. 2
• Образование двух звуков некоторыми гласными. 2 Буквы «я», «ё», «ю» и «е» образуют два звука, если они находятся в самом начале слова (например, «юг», «яблоко»), после другой гласной (например, «моя», «соя»), стоят после твёрдого знака (например, «отъезд», «объявление») или после мягкого знака (например, «сватья», «князья»). 2
• Удвоенные согласные, дающие только один звук. 2 Например, в словах «касса», «суббота». 2

Также к словам, которые могут быть трудны для фонетического анализа, относят длинные и многосложные слова, научные, медицинские или технические термины, иностранные заимствования, редкие или устаревшие слова. 1