Некоторые причины, по которым некоторые слова в русском языке имеют короткие корни:

• Историческое изменение начального звука. 13 В старославянском языке слов на «а» существовало достаточно много, но впоследствии начальный звук менялся, становясь приближённым к «йа = я» или к «о». 13 Позже эти изменения были зафиксированы и на письме. 13
• Влияние глагольного суффикса «ти». 1 Со временем он ушёл, заменившись на «ть», а корень остался и продолжает существовать в разных лексемах. 1 Например, в слове «приятный» корень «при-я-ть» означает «принять что-либо, взять в своё пользование». 1
• Историческое наложение морфем. 45 Например, в глаголе «вынуть» корень и суффикс накладываются друг на друга, и в формальной структуре слова корень выделить нельзя, но он незримо присутствует в его внутренней форме. 45