Почему некоторые слова в русском языке имеют нулевую основу?

Некоторые слова в русском языке имеют нулевую основу, потому что в их структуре присутствует нулевая морфема, которая не имеет фонетического выражения, но обладает определённым значением (лексическим и грамматическим). spravochnick.ru blog.tutoronline.ru

Например, наиболее распространённой нулевой морфемой считается нулевое окончание. spravochnick.ru Как правило, оно встречается в строго определённых формах грамматических значений:

• имена существительные мужского рода второго склонения в единственном числе и именительном падеже (например, в словах «кот», «стул», «стол» и т.п.); spravochnick.ru
• имена существительные третьего склонения в единственном числе и именительном падеже (например, в словах «мышь», «дверь», «печь» и т.п.); spravochnick.ru
• имена существительные первого склонения во множественном числе и родительном или винительном падежах (например, в словах «женщин», «мужчин», «собак» и т.п.). spravochnick.ru

Также в некоторых случаях нулевыми морфемами могут быть даже корни. ru.wikipedia.org Например, в русском языке слово «вынуть» состоит из одной приставки (вы-), одного нулевого корня (-∅-) и двух суффиксов (-ну- и -ть). ru.wikipedia.org