Почему некоторые слова в русском языке имеют нулевую морфему?

Некоторые слова в русском языке имеют нулевую морфему, потому что она не имеет фонетического выражения, но обладает определённым значением. spravochnick.ru

Значение такой морфемы устанавливается только в составе системы — именной или глагольной парадигмы — в соотношении с другими, формально выраженными морфемами. spravochnick.ru

Наиболее распространённой нулевой морфемой в русском языке считается нулевое окончание. spravochnick.ru Как правило, оно встречается в строго определённых формах грамматических значений, например:

• имена существительные мужского рода второго склонения в единственном числе и именительном падеже (например, в словах «кот», «стул», «стол»); spravochnick.ru
• имена существительные третьего склонения в единственном числе и именительном падеже (например, в словах «мышь», «дверь», «печь»); spravochnick.ru
• имена существительные первого склонения во множественном числе и родительном или винительном падежах (например, в словах «женщин», «мужчин», «собак»). spravochnick.ru

Также в русском языке есть слово «вынуть», которое состоит из одной приставки (вы-), двух суффиксов (-ну- и –ть) и одного корня, который является нулевым. spravochnick.ru ru.wikipedia.org