Несколько причин, по которым некоторые слова в современном русском языке содержат нулевые звуки:

• Нулевое окончание. 2 При изменении формы слова место нулевого звука занимает реальное, материально выраженное окончание, представленное конкретным звуком или звуками. 2
• Нулевой суффикс. 2 Например, в глаголах в форме прошедшего времени формообразующий суффикс «Л» часто в форме мужского рода единственного числа превращается в нулевой звук. 2 При изменении формы глагола (рода, числа) суффикс обретает реальное звуковое выражение. 2
• Исчезновение букв «ъ» и «ь». 3 В древнерусском языке эти буквы обозначали звуки, которые в современном языке выпали или прояснились. 3 Например, благодаря исчезновению конечных «ъ» и «ь» появились нулевые окончания. 3