Почему некоторые слова со славянскими корнями имеют уникальную орфографию?

Некоторые слова со славянскими корнями имеют уникальную орфографию из-за фонетических процессов, которые происходили в общеславянскую эпоху (V–VI века) и свойственны большинству славянских языков. proza.ru

Некоторые из таких процессов:

• Утрата количественных различий в гласных. proza.ru Например, чередование А//О в корнях ГАР–ГОР, ЗАР–ЗОР, КАС–КОС, КЛОН–КЛОН, МАК–МОК, СКАК–СКОЧ. proza.ru
• Монофтонгизация дифтонгов. www.izbornik.ru Например, чередование и — ей — ой: бить — бей — бой. www.izbornik.ru
• Изменение сочетаний гласных с согласными. proza.ru Так, чередование И//Е в корнях БИР–БЕР, ПИР–ПЕР, ДИР–ДЕР, ТИР–ТЕР, МИР–МЕР, ЧИТ–ЧЕТ, БЛИСТ–БЛЕСТ, СТИЛ–СТЕЛ. proza.ru
• Появление особых носовых гласных. proza.ru Например, чередование А (Я) // ИН, ИМ, ЕН, ЕМ, Н, М: сжать — сжимать, звучный — звонок. proza.ru

Кроме того, в русском языке есть чередование полногласных и неполногласных сочетаний в корнях слов, связанное с заимствованиями из старославянского языка. otvet.mail.ru Например, град (старослав.) — город (русск.), глас (старослав.) — голос (русск.). otvet.mail.ru