Некоторые причины, по которым некоторые рудименты до сих пор сохраняются у современных животных:

• Эволюция нашла рудиментам новое, не свойственное ранее применение. 1 Например, у китообразных к рудиментарным тазовым костям крепятся мышцы пениса, и от величины кости зависела величина китового полового органа, что предопределяло успех в размножении. 1
• Гены, которые отвечают за развитие рудиментарного органа, не исчезают из генома мгновенно. 3 Эволюция прекращает их работу, инактивируя, но не выбрасывая из ДНК. 3
• Рудименты выполняют второстепенные задачи. 2 Например, при помощи коготков гоацин может цепляться за ветки, что помогает ему удерживать равновесие. 2