Некоторые растения не могут вступать в симбиоз с бактериями рода Rhizobium из-за специфичности взаимодействия. 24

Каждый вид бактерий приспособлен к одному виду растений или к группе видов растений. 4 Например, Rhizobium japonicum инфицируют только сою, Rhizobium lupine — только люпин, Rhizobium lotus — лядвенец. 4

Кроме того, на установление симбиоза могут влиять условия окружающей среды, например:

• Доступность азота. 5 При высоком содержании азота в почве, особенно в период между инокуляцией семян и их прорастанием, возникают трудности для установления функционального симбиоза. 5
• Кислотность и засоленность почвы. 5 Эти факторы создают неблагоприятные условия для выживания ризобий и заселения корней, что препятствует развитию клубеньков. 5
• Избыток влаги. 4 Из-за снижения аэрации почвы ухудшается снабжение симбиотического аппарата кислородом. 4

Также для некоторых культур (например, люпина, сои) в новых районах возделывания лимитирующим фактором может быть отсутствие соответствующего штамма ризобий. 4