Некоторые причины, по которым некоторые породы собак чаще других проявляют гетерохромию:

• Наследственность. 12 Щенки с разноокрашенными глазами рождаются у родителей с аналогичной особенностью. 1 Данный признак может быть закреплён непосредственно за породой. 1
• Однотонный белый, пятнистый (пегий) и мраморный (мерль) окрасы. 1 Все эти расцветки препятствуют нормальной выработке меланина как внутри волосков, так и в радужной оболочке глаз. 1
• Ген merle. 3 Он отвечает за неравномерное распределение окраса и часто присутствует у собак породы бордер-колли. 3
• Цвет и узор шерсти. 5 Как правило, гетерохромия чаще встречается у собак с пятнистым, мраморным или белым окрасом на голове и вокруг неё. 5