Некоторые плауновидные растения находятся под угрозой исчезновения из-за изменения климата, утраты естественных местообитаний и антропогенного воздействия на экосистемы. 2

Некоторые факторы, которые приводят к сокращению численности плаунов и их исчезновению:

• Вырубка лесов. 13 После вырубки старых лесов и зарослей кустарников площади распахивают или создают на их месте лесопосадки. 1 При разреживании леса плауны не образуют спор и в дальнейшем погибают. 1
• Выпас и прогон скота. 1 Это приводит к нарушению напочвенного покрова. 1
• Неумеренный сбор. 1 Растения собирают в лекарственных целях, для изготовления венков и гирлянд. 1
• Пожары. 4 Плауны погибают при низовых пожарах. 4

Некоторые виды плаунов, которые находятся под угрозой исчезновения и занесены в Красную книгу: 3

• Баранец обыкновенный. 3 Полностью исчез в Подмосковье, в других районах наблюдается стабильное изменение его популяции. 3 Может исчезать из-за погодных условий или воздействия человека (масштабные пожары, вырубка лесов, порча почвы). 3
• Плаун трёхколосковый. 3 Численность вида заметно снижается из-за вырубки лесов, перегона животных и иных факторов. 3