Почему некоторые нарицательные существительные пишутся со строчной буквы, а другие — с прописной?

Некоторые нарицательные существительные пишутся со строчной буквы, а другие — с прописной, потому что граница между собственными и нарицательными именами подвижна. www.gramota.net

Со строчной буквы пишутся, например:

• названия растений, образованные от имён собственных (иван-да-марья, маргаритка); www.yaklass.ru
• предлоги и частицы, входящие в состав иноязычных имён и фамилий (ван, да, де, дер, ди, ле, ла, оф, фон, эд, эль); www.yaklass.ru
• служебные слова в восточных именах и фамилиях (ага, бек, оглы, кызы и т. п.). www.yaklass.ru

С прописной буквы пишутся, например:

• клички животных (Дружок, Жучка, Кеша); www.yaklass.ru
• имена литературных персонажей, образованные от нарицательных существительных (например, «Однажды Лебедь, Рак, да Щука Везти с поклажей воз взялись…» (И. Крылов)); www.yaklass.ru
• мифологические существа и божества (Марс, Афродита, Минотавр); www.yaklass.ru
• названия высших правительственных учреждений и организаций, а также названия некоторых международных организаций (Верховный Совет РФ, Конституционный Суд, Государственная Дума, Федеральное Собрание); www.yaklass.ru
• названия высших государственных должностей и высших почётных званий (Президент Российской Федерации, Председатель Правительства РФ, Верховный Главнокомандующий Вооружёнными Силами РФ, Герой Российской Федерации). www.yaklass.ru

Также если нарицательное существительное начинается с большой буквы, значит, оно перешло в разряд собственных (например, Пятница — друг Робинзона). www.bolshoyvopros.ru