Некоторые локусы на хромосомах окрашиваются иначе при дифференциальной окраске из-за различий в структуре хроматина, нуклеотидном и белковом составе этих участков. 5
В результате такого окрашивания хромосомы приобретают уникальный для каждой хромосомы рисунок поперечной исчерченности — чередование тёмных и светлых полос различной толщины. 1
Некоторые факторы, которые объясняют различную окраску хромосом:
Молекулярные механизмы специфической окраски отдельных участков хромосом до сих пор не ясны, многие исследователи связывают их с химическими различиями участков. 2