Некоторые клеточные структуры окрашиваются разными типами красителей из-за разного сродства к различным красителям. 1

Например, лигнифицированные (одревесневшие) клеточные оболочки, имеющие кислую реакцию, хорошо окрашиваются основными красителями, а нелигнифицированные клеточные оболочки — кислотными. 1

Также белковые структуры клетки при одних условиях могут быть окрашены кислыми, а при других — основными красителями, что обусловлено амфотерностью белков, то есть их способностью вести себя как кислоты или основания в зависимости от pH среды. 4

Кроме того, на оттенок окраски клеточных оболочек влияют степень накопления лигнина (степень одревеснения), толщина клеточных оболочек и другие факторы. 1