Некоторые исследователи считают койсанские языки вымирающими по нескольким причинам:

• Отсутствие письменности. 1 Наличие письменности способствует сохранению языка для потомков. 1 У многих койсанских языков письменности нет, и это может приводить к их исчезновению. 12
• Сокращение числа носителей. 12 Некоторые койсанские языки, например гриква, находятся в критическом положении: в Южной Африке живут последние носители этого языка. 23
• Изменение условий проживания. 2 Многие представители народов, говорящих на койсанских языках, изгнаны из мест проживания из-за поиска полезных ископаемых и живут в трущобных поселениях или в резервациях. 2 Там они приспосабливаются к ведению хозяйства, религиозным обычаям и социальным структурам других народов. 2
• Вытеснение другими языками. 1 Возможно, вымирание койсанских языков связано с тем, что в Африке одни языки вытесняют другие, приходя им на смену. 1

Известно, что из примерно 30 койсанских языков 11 вымерли, а большинство остальных находятся под угрозой исчезновения. 4