Почему некоторые гласные буквы имеют разное написание в печатном и рукописном виде?

Различие между печатными и рукописными буквами заключается только в технике письма, а прописные и строчные буквы отличаются лексико-синтаксическим значением. pedlib.ru

Кроме того, гласные звуки обозначаются разными буквами в зависимости от местоположения в слове: ударной или безударной позиции, двойной роли, которую выполняют некоторые гласные. uchi.ru

Некоторые примеры:

• звук [о] может быть обозначен на письме буквами О (коврик) и Ё (полёт); uchi.ru
• звук [а] обозначается буквами А (малина), О (молоко) и Я (полянка); uchi.ru
• звук [у] — буквами У (урок) и Ю (гюрза); uchi.ru
• звук [ы] — буквами Ы (мыло) и И (жизнь); uchi.ru
• звук [и] — буквами И (миг), Е (берёза), Я (мясной); uchi.ru
• звук [э] обозначается буквой Е (пример). uchi.ru